Решение об открытии в Смоленске сельскохозяйственного вуза на бюджетной основе было принято 02 декабря 1929 г. Бюро Западного обкома ВКП(б). 

Однако институт, получивший название Зоотехническо-ветеринарного, был открыт только в 1935 г. Специально для него на Октябрьской улице (район нынешнего здания почтамта) было построено здание. 

В период Великой Отечественной войны институт прекратил свое существование и был открыт снова лишь в 1952 г. 

Однако, в 1956 г. Смоленский Зоотехническо-ветеринарный институт был переведен в Великие Луки, где и продолжили свое обучение будущие зоотехники, а ветеринарные врачи были направлены в Витебский ветеринарный институт. 

Новый этап в своей истории сельскохозяйственное образование на Смоленщине получило в середине 1970-х годов. Министерство сельского хозяйства СССР издало приказ от 09 августа 1974 г. об организации в Смоленске филиала Московской сельскохозяйственной академии им. К.А. Тимирязева. Учебное заведение разместилось в двух зданиях, сыгравших большую роль в исторической, политической и культурной жизни Смоленска, которые сегодня являются историческими памятниками города. 

В декабре 1990 года Смоленский филиал ТСХА приобрел статус самостоятельного учебного заведения и получил название «Смоленский сельскохозяйственный институт». Приказом Министерства сельского хозяйства №216 от 26 июля 2006 года институт был переименован в Федеральное государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Смоленская государственная сельскохозяйственная академия (ФГОУ ВПО Смоленская ГСХА)». 

Позже академия приобрела статус бюджетного учреждения и стала называться: Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Смоленская государственная сельскохозяйственная академия (ФГБОУ ВПО Смоленская ГСХА)». 

В 2015 году академия была переименована в «Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Смоленская государственная сельскохозяйственная академия».