В Академии сформировано 6 научных школ, которые возглавляют ведущие ученые в своих отраслях:

1. Усовершенствование методов генетического контроля и управления селекционным процессом в породах крупного рогатого скота, обеспечивающие мобилизацию генофонда для повышения генетического потенциала продуктивности и устойчивости животных к биотическим и абиотическим факто¬рам - руководители: член-корреспондент РАСХН, доктор сельскохозяйствен¬ных наук, профессор, Лауреат премии Правительства Российской Федерации в области науки и техники Чернушенко В.К., доктор сельскохозяйственных наук Петкевич Н.С., доктор сельскохозяйственных наук, профессор Цысь В.И.;

2. Энерго- и ресурсосбережение в системе удобрения сельскохозяйственных культур Центрального Нечерноземья - руководитель - доктор сельскохозяйственных наук, профессор Самсонова Н.Е.

3. Совершенствование адаптивных технологий в кормопроизводстве - руководители: доктор сельскохозяйственных наук, профессор, Заслуженный деятель науки Российской Федерации Синицин Н.В., доктор сельскохозяйственных наук, профессор, Заслуженный деятель науки Российской Федерации Прудников А.Д., доктор сельскохозяйственных наук, профессор Прудникова А.Г.;

4. Разработка и совершенствование адаптивных, ресурсосберегающих технологий возделывания полевых культур (зерновые, зернобобовые, лён, картофель) на основе агробиологического, экологического, генетического потенциала продуктивности и абиотических условий Нечерноземной зоны. - доктор с.-х. наук, профессор, Заслуженный работник Высшей школы РФ Романова И.Н.; кандидат с.-х. наук, доцент Глушаков С.Н.; кандидат с.-х. наук, доцент Князева С.М.;

5. Обоснование экономических критериев эффективного ведения сельскохозяйственного производства - руководители: доктор экономических наук, профессор Самородский В.А., доктор экономических наук, профессор Белокопытов А.В.;

6. Математическое моделирование, численные методы и комплексы программ - руководитель - д.ф.-м.н., профессор Юденков А.В.